Evo jednog teksta kojeg sam našao o generalu Seferu Haliloviću. Neću ulaziti u to koliko je tekst istinit i u ono što piše u njemu. Istina je da su postojale dvije struje u Armiji BIH tokom rata. Istina je i to da jedna strana govori kako je druga bila za etničku podjelu Bosne i Hercegovine, dok druga to negira. Moje mišljenje je da je istina negdje na sredini.
Na čelo Armije je imenovan 25. maja 1992. godine.
U vrijeme njegovog komandovanja ARBiH je bila višenacionalna vojska koja je uspješno vodila bitke sa tri države: Srbijom, Crnom Gorom i Hrvatskom, i separatističkim pokretima unutar države.
Smijenjen je, jer se nije slagao sa politikom etničke podjele zemlje 8. juna 1993, a na njegovo mjesto je imenovan Rasim Delić. Nakon Seferove smjene ARBiH je izgubila teritoriju veličine Crne Gore.
Svoje neslaganje sa politikom podjele zemlje i razmjene teritorija je ponovio na skupu najviših vojnih starješina ARBiH, održanom u Zenici, avgusta 1993. Tada je, između ostalog, rekao: "Duboko sam uvjeren da nam je za naše jedinstvo koje se na žalost nedovoljno potiče iz najviših organa države i vlasti; naprotiv guraju nas na nejedinstvo. Nejedinstvo se potiče iz vrha duhovnih i svjetovnih vlasti." Izjavio je da je principijelno protiv podjele BiH i da država, ni onda kada je mogla, pripadnicima Armije nije nabavila oružje, jer se "izvršila čista privatizacija narodne imovine, narodnih sredstava".
Neposredno nakon njegovog povratka iz Hercegovine, 26.10.1993. izvedena je združena operacija ARBiH i MUP-a pod nazivom Trebević 2. Tog dana Halilović je blokiran u svom kabinetu, a dan kasnije telefonom obavješten da se sa njim treba obaviti "informativni razgovor". U prostorijama SDB-a predstavnici Vojne i Državne bezbjednosti vodili su "informativni razgovor" koji je trajao od 27.10. do 22.11.93. Svakodnevno saslušavanje je trajalo po najmanje 12h, a nekada čak i 17h u kontinuitetu, a tom prilikom Haliloviću nije rečeno u kom svojstvu se saslušava, niti mu je dato "Rješenje" o pritvoru izdato od strane Suda ili MUP-a. Prilikom saslušanja mu je uskraćeno pravo na advokata.
Na informativni razgovor je pozvan i novinar Oslobođenja Šefko Hodžić, koji se kod portirnice SDB-a nakratko sreo sa Halilovićem. Hodžić je taj susret kasnije opisao u svojoj knjizi: "Čim sam ušao kod Mujezinovića, nisam imao vremena ni da ga pozdravim, a on je počeo da galami. ‘Šta
ste to dole, kraj portirnice opet mutili ti i Sefer?’ – galamio je. Ali, nije dozvolio ni da
odgovorim, a nastavio je da grmi… Jedino sam uspio da povežem njegovu prijetnju da ćemo vidjeti ‘ko će kome stomak rasporiti’. Nisam imao pojma ko bi to kome mogao stomak rasporiti… Eto, Munja kao glavni, priprjetio mi je. Mujezinović koji ima nižu funkciju,
zagalamio je". Nakon što je novinar odveden u kancelariju isljednika, ovaj mu je rekao: "Za to u što si se upetljao dobija se 20 godina robije ili smrtna kazna". Cijeli nastup ekipe SDB-a prema Hodžiću je imao za cilj iznuđivanje priznanja da je slao lažne izvještaje iz Hercegovine i "veličao Sefera", odnosno da se u eventualnom procesu privoli da bude svjedok protiv njega.
Za to vrijeme, Halilović je ispitivan o svim podacima koji se odnose na privatni, javni, politički život ili kako je to rekao jedan od tadašnjih istražitelja, oficir Vojne bezbjednosti Himzo Popović, na njega je jednostavno vršen psihološki pritisak u cilju iscrpljivanja. "Izjave su uzimane do kasno u noć. Termine i dužinu trajanja razgovora su diktirali službenici SDB-a. Najčešće su razgovori vođeni poslije 12h noću. Ja sam Halilovića pratio od mjesta saslušanja do prostorija Generalštaba kod Centralnog zatvora", rekao je Popović.
Čak je i na sjednici Predsjedništva, održanoj tih dana, Alija Izetbegović rekao kako je prigovarao na tretmanu kojem je on izložen. "Jedna stvar koju sam prigovorio je što je Sefer bio saslušavan do iza pola noći, to nije bilo potrebno, ja sam im to prigovorio, jer rekao sam da to nije bilo potrebno", rekao je Izetbegović.
Istraga nije dala nikakve rezultate, ali je Sefer, ipak, uklonjen iz ARBiH.
Godine 1996. je osnovao Bosanskohercegovačku patriotsku stranku, a godinu dana kasnije objavio knjigu "Lukava strategija" koja je postala najčitanija knjiga u BiH.
Ministar za socijalnu politiku, raseljene osobe i izbjeglice postao je 2001.godine. Za nekoliko mjeseci svog mandata, prema zvaničnim statistikama, vratio je više izbjeglih i prognanin nego prethodna vlast za pet godina.
U septemebru 2001, optužen je od Haškog tribunala, po komandoj odgovornosti, za zločine koje su pripadnici ARBiH, počinili u Grabovici i Uzdolu. Novembra 2005, oslobođen je svih optužbi.
